Eyüp Aygar Fen Lisesi, Mersin’in Yenişehir ilçesinde, merkezi ve ulaşım ağlarına yakın bir yerleşim düzeninde yer almaktadır. Şehir içi hareketliliğin içinde bulunmakla birlikte, kendi sınırları dahilinde sakin kalabilen bu konum, öğrencilerin günlük gidiş gelişlerini kolaylaştırmaktadır. Çevredeki yerleşik mahalle yapısı, gençlerin tanıdık ve belirli bir düzen içindeki sosyal çevre içerisinde bulunmalarına imkan tanımaktadır. Resmi bir eğitim kurumu olan Eyüp Aygar Fen Lisesi, lise kademesinde dokuzuncu sınıftan on ikinci sınıfın sonuna kadar fen liseleri için belirlenmiş olan zorunlu müfredat programına uygun olarak eğitim hizmeti vermektedir. Sınıflardaki ders işleyişinde ve günlük programda, öğrencilerin bu dönemde edinmesi gereken matematik ve fen bilimleri ağırlıklı temel akademik bilgiler takip edilmektedir. Mevcut fiziksel şartlar dahilinde, hiçbir abartıya veya lükse kaçılmadan, sadece lise düzeyindeki teorik eğitim ihtiyaçlarını karşılayan sade bir derslik düzeni sunulmaktadır. Öğretmenlerin kendi görev tanımları çerçevesinde yürüttüğü dersler, Eyüp Aygar Fen Lisesi bünyesinde eğitim alan öğrencilerin günlük okul rutinlerini tamamlamasını sağlamaktadır. Gösterişli iddialar ya da büyük projeler yerine, gençlerin yaş gruplarına uygun olan temel ders içeriklerini ve sosyal kuralları öğrenmesi amaçlanmaktadır. Kurum, kendi standart imkanları çerçevesinde bölgedeki öğrencilere eğitim hizmeti veren bir lise binası olarak işlevini sürdürmektedir.