Özel Bayraklı Çözüm Akademi Okulları Ortaokulu, çocukların sağlıklı bir kişilik yapısına ulaşmaları için gereken ortam ve imkanları sağlamakta ve gerekli özeni göstermektedir. Ortaokul dönemi aynı zamanda akademik başarı, dil eğitimi ve yetenek gelişimi açısından kritik bir dönemdir. Ortaokul, çocukların hızla değiştiği ve kişiliklerinin şekil aldığı bir dönemdir. Özel Bayraklı Çözüm Akademi Okulları Ortaokulu, çocukların kendilerini tanıması, yeteneklerini geliştirmesi ve akademik temellerinin sağlıklı bir şekilde kurulması için her türlü imkânı sunar.
Öğrencilerinin Türkiye’nin en seçkin liselerini kazanabilmeleri için, ek ders desteğine ihtiyaç olmadan yoğunlaştırılmış, destekleyici ve tamamlayıcı bir eğitim alırlar. Aylık periyotlar olarak yapılan kazanım değerlendirme sınavları ile öğrencilerin öğrenme seviyeleri takip edilerek, öğrenmenin yetersiz olduğu alanlar tespit edilen öğrenciler, eksikleri; okul içi ve okul dışı zamanlarda kazanım pekiştirme uygulamaları ile giderilmektedir. Tüm bu süreçler online bir portal üzerinden öğrenciler ve aileleri ile sürekli olarak paylaşılmaktadır. 8. sınıf öğrencileri için kazanım değerlendirme sınavları daha sık ve hafta sonlarını da kapsayan bir sınav hazırlık programı ile gerçekleştirilmektedir. Yabancı dil olarak nitelikli bir İngilizce eğitimi gören öğrenciler yeterli dil kazanımlarını sağlamaktadır.
Özel Bayraklı Çözüm Akademi Okulları Ortaokulu, müfredat eğitimi dışında özel eğitim uygulamaları kullanan okul, GEMS ve D-STEM eğitim anlayışlarını benimsemiştir. Böylece öğrencilerinin yaparak yaşayarak öğrenmelerine olanak tanımaktadır.