Özel Başakşehir Yenidoğu Okulları Fen Lisesi, 24 kişilik sınıflardan oluşmaktadır. Sınıflar, tek kişilik sıralardan oluşup, her sınıfta akıllı tahta bulunmaktadır. Öğrenciler; kurumda biyoloji, kimya ve fizik ağırlıklı eğitim alarak üniversite sınavına hazırlanmaktadır. Kurum, öğrencilere yabancı dil eğitimi olarak İngilizce dil eğitimi vermektedir. Öğrenciler, eğitim süreçlerinde psikolojik danışmanlarından en iyi şekilde destek almaktadır.
Özel Başakşehir Yenidoğu Okulları Fen Lisesi, öğrencilerin beslenebileceği geniş bir yemekhaneye sahiptir. Öğrencilerin eğitim süreçlerinde aktif bir şekilde kullanabileceği 11 atölye odası, fen ve bilgisayar laboratuvarları kurum bünyesinde bulunmaktadır. Bunlar dışında kurum içerisinde, iki spor salonu, iki jimnastik salonu, iki kantin, iki kütüphane, iki revir ve dört mescit bulunmaktadır. Okul, öğrencilerin ders aralarında ve etkinliklerde kullanabileceği geniş bir bahçeye de sahiptir.
Özel Başakşehir Yenidoğu Okulları Fen Lisesi, öğrencilerin müfredatları dışında alabileceği basketbol, futbol, görsel sanatlar ve müzik eğitimleri de vermektedir. Kurum, öğrencilerin kolay ve güvenli bir şekilde ulaşmalarını sağlamak amacıyla servis hizmeti vermektedir. Okulda, öğrencilerin eğitim süreçlerinde rahat etmeleri için güvenlik görevlisi de bulunmaktadır.