Özel Acıbadem Doğa Koleji Ortaokulu, öğrencilerin ihtiyaç duyduğu bilgi ve birikimin büyük bir kısmının karşılandığı ortaokul döneminde onlara kaliteli ve sürdürülebilir bir eğitim imkanı sağlamaktadır. Sarmal yapıda sürdürdüğü eğitim ile öğrencilerin ilerleyen süreçte değişebilecek ve güncellenebilecek bilgiler için kalıcı bir altyapı oluşturmaktadır. Erken yaşta edinilen bilgilerin akılda kalıcılığı daha fazla olduğundan dolayı köklü eğitimin temeli bu dönemde aktarılmaktadır. Acıbadem Doğa Koleji'nde eğitim hayattan örneklerle pekiştirilmekte böylece sunulan bilgiler hayata entegre edilerek kalıcı bir yapıya bürünmektedir.
Özel Acıbadem Doğa Koleji Ortaokulu, öğrencilerinin okuduğunu ve dinlediğini anlama becerilerini yükseltmeyi hedeflemektedir. Kurum, çocukların okuryazarlık becerisine sahip olması amacıyla Doğa Koleji Okuduğunu Anlama Programı (DOKAP) ile hizmet vermektedir. Dersliklerde yürütülen eğitimler ile öğrencilerin okuduğunu anlama çalışmaları yürüterek kendilerini geliştirmeleri sağlanmaktadır. Nitelikli öğretmen eğitimleriyle desteklenen program haftalık periyotlarla uygulanmaktadır. Okul, bu program için özel olarak geliştirdiği DOKAP kitabı ile çocuklara destek vermektedir. DOKAP ile uygulanan yaklaşım çocukların farklı branşlarda da becerilerinin gelişmesine olanak tanımaktadır.
Özel Acıbadem Doğa Koleji Ortaokulu'nda öğrencilerin her yönden gelişimi desteklenmektedir. 21. yüzyıl gereksinimlerini kazandırmak amacı ile branşında uzman eğitmenlerle kaliteli bir eğitim hizmeti sürdürmektedir. Uluslararası standartlarda sürdürülen eğitimlerle öğrencilerin birer dünya vatandaşı statüsünde yetişmesine olanak sağlamaktadır. Temel derslerin kazanımı konusunda öğrencilerini bilinçlendiren Doğa Koleji Acıbadem, kampüs olanakları ile de öğrencilere çok yönlü bir hizmet sağlamaktadır. Kampüs içerisinde yemekhaneden laboratuvarlara, kütüphaneden sanat atölyesine, müzik odasından konferans salonuna birçok farklı ortam bulunmaktadır. Okul sağladığı ortamlarla, öğrencilerini uygulamalı bir eğitim almaya, sağlıklı beslenmeye ve sosyalleşmeye teşvik etmektedir. Ayrıca kapalı spor salonu alanına da sahip olan kurum, öğrencilerinin fiziksel gelişimine de destek vererek, çocukları sağlıklı bir yaşama hazırlamaktadır.