Özel Yenidoğu Okulları Ortaokulu akademik çalışmaları haftada 44 ders saati olarak planlanmıştır. Öğrenciler, yazılı sınavları öncesinde öğretmenlerinin belirlediği konularda etüt yapılarak, ihtiyaçları doğrultusunda desteklenmektedir. Ortaokul akademik uygulamalarında üzerinde durulan en önemli aşamalardan biri de öğrencilere olumlu davranış kazandırma odaklı disiplin anlayışıdır. Öğrencilerin okula zamanında gelmesi, sağlıkla ilgili çok önemli durumlar hariç devamsızlık yapmaması, kılık-kıyafet düzenlemelerine uyması, okula cep telefonu getirilmemesi vb. uygulamalar akademik eğitim süreçlerinde en dikkat edilen konulardır. Akademik eğitimin yürütülmesindeki en temel amaçlarımızdan biri de milli ve manevi değerleri içselleştirmiş; bunu davranış haline getirmiş, toplumcu hedefleri benimsemiş bir insan tipi ortaya koymak, velilerimizi de bu sürecin destekleyicileri yaparak süreci birlikte yönetmektir. Okulda yabancı dil eğitimine verilen önem 5. sınıf düzeyinde yabancı dil ağırlıklı eğitim ile somutlaşmaktadır. Haftada 15 ders saati ile yerli ve yabancı öğretmenler ile birlikte okuma-yazma-konuşma etkinlikleri şeklinde yapılmakta çeşitli İngilizce faaliyetleriyle İngilizce pratiğinin gelişmesini destekleyen bir yabancı dil eğitimi sunulmaktadır. Ayrıca 6. ve 7. sınıflarda haftada 2 ders saati temel düzeyde Arapça eğitimi verilmektedir. 8.sınıf öğrencilerine yönelik Eylül ayında eğitim-öğretim yılı başlamadan önce “Hızlandırma Programı” ile başlayan “TEOG Hazırlık Programı”, yıl içinde ise cumartesi günleri dâhil olmak üzere yüksek bir tempoda devam eder. Türkçe, Matematik, Din Kültürü ve Ahlak Bilgisi, Fen ve Teknoloji, İnkılap Tarihi ve İngilizce temel dersleri kapsamındaki çalışmalar, ortak sınavlara bir hafta kala ve yarıyıl tatilinde ise yoğunlaştırılmış programlar ile sürdürülür.