Özel Çekmeköy İsabet Okulları Ortaokulu uzman kadrosuyla 2013 yılından bu yana hizmet veren bir okuldur. Okulun amacı bünyesinde bulunan öğrencileri her açıdan geleceğe hazırlamaktır. Okul saat 08.45 ile 16.15 saatleri arasında hizmet vermektedir. Okulda verilen İngilizce ve Arapça dersleri öğrencilere yabancı bir dil olarak değil ikinci bir dil olarak öğretilmektedir. Bu eğitimler okulda bulunan iki yabancı öğretmen tarafından verilmektedir. Özel Çekmeköy İsabet Okulları Ortaokulunda bulunan kapalı ve açık spor salonuyla öğrencilerin zihinsel olduğu kadar fiziksel ve bedensel gelişimlerine de katkı sağlamaktadır. Okul düzenlediği doğa yürüyüşleri ve orman gezileriyle öğrencilerinin yaşadığı Dünya’ya olan sevgilerinin pekişmesi amaçlanmaktadır. Kulüpler arası spor turnuvalarıyla kazanmanın ve yardımlaşmanın önemi üzerinde durulmaktadır. Okulda yemekler Diyetisyen ve Gıda Mühendisi kontörlünde hazırlanmakta ve öğrencilerin gelişim süreçleri takip edilmektedir. Ayrıca yemek listesi aylık olarak yayınlanmaktadır. Özel Çekmeköy İsabet Okulları Ortaokulunda öğrencilerin sağlık sorunlarıyla ilgilenecek ve okulda sağlıklı bir eğitim almalarını sağlayacak bir sağlık birimi bulunmaktadır. Müzikal drama etkinliği ile öğrencilerin farklı yaşantıları tanımasına, kendini başkalarının yerine koyarak düşünebilmesine ve kendini ifade edebilmesine olanak sağlamaktadır. Okulun servis hizmeti de bulunmaktadır.