Özel Çekmeköy Yenidoğu Okulları Ortaokulu öğrencileriyle birebir ilgilenmeyi amaçlamaktadır. Bu durumu kolaylaştırmak için sınıf mevcudunu sınırlı tutmaktadır. Bu durum okulun öğrencilerle birebir ilgilenme şansını artırmaktadır.
Liseye hazırlık döneminde öğrencilerin stres ve kaygısı artabilmektedir. Bu gibi durumlar için psikolojik danışman bulunmaktadır. Öğrencilerle düzenli görüşmeler yapılmaktadır. Bu sayede öğrencilerin pedagojik gelişimleri kayıt altına alınmaktadır.
Okul fiziksel imkanlar bakımından da oldukça ilgi çekmektedir. Okulda bulunan 3D odası etkileyici aktiviteler yapılmasını sağlamaktadır. Eğitimciler akıllı tahtalar ile dersleri etkili ve ilgi çekici şekilde işlemektedir. Okulun fiziksel imkanları arasında mutfak ve sanat atölyesi de bulunmaktadır. Bu atölyelerde yapılan aktiviteler öğrencileri çok yönlü bireyler haline getirmektedir.
Özel Çekmeköy Yenidoğu Okulları Ortaokulu'nda servis hizmeti bulunmaktadır. Öğrenciler bu sayede rahat ve güvenli şekilde okula ulaşmaktadır. Okulda yapılan organik beslenme uygulaması öğrencilerin sağlığı açısından faydalı olmaktadır. Kurumun yaz okulu uygulaması da bulunmaktadır. Öğrenciler bu yolla yaz tatillerini daha verimli geçirmektedir.
Okulun yaptığı aktiviteler de öğrencilerin çok yönlü bireyler olmasını sağlamaktadır. Tiyatrodan atletizme, gezi kulübünden modern dansa kadar birçok aktivite düzenlenmektedir. Müzikle ilgilenen öğrenciler için de birçok seçenek sunulmaktadır. Müzik odasında yapılan aktiviteler çocukların yeteneklerini keşfetmesine yardımcı olmaktadır. Öğrenciler müzik kulübü, orkestra ve koro aktivitelerine katılabilmektedir.
Özel Çekmeköy Yenidoğu Okulları Ortaokulu öğrencilerini evrensel bireyler olarak yetiştirmektedir. Bu bağlamda öğrencilere yoğun dil eğitimi verilmektedir. Kurumda yabancı dil kulübü de bulunmaktadır. Kulüp bünyesinde yapılan aktivitelerle öğrencilerin çift dilli olması amaçlanmaktadır.